Cantitate/Preț
Produs
Total produse
Vezi coșul
Mastering Python for Bioinformatics de Ken Youens-Clark

Mastering Python for Bioinformatics

Autor Ken Youens-Clark
en Limba Engleză Paperback – 18 mai 2021

Ceea ce diferențiază Mastering Python for Bioinformatics de documentația oficială sau de tutorialele online este accentul riguros pus pe ingineria software aplicată. În timp ce multe resurse se limitează la a explica sintaxa, Ken Youens-Clark abordează o problemă critică în cercetarea actuală: programele de bioinformatică slab scrise și greu de întreținut. Apreciem modul în care volumul ghidează cititorul prin procesul de transformare a unui script ad-hoc într-un instrument de cercetare robust, documentat și, mai ales, testat. Subliniem structura practică a celor 350 de pagini, care nu se rezumă la teorie, ci oferă soluții concrete pentru problemele biologice complexe. Credem că valoarea adăugată constă în promovarea reproductibilității științifice prin utilizarea celor mai bune părți ale limbajului Python. Complementar lui Python for Biologists, care este un curs introductiv excelent, acest volum acoperă zona avansată de dezvoltare de instrumente profesionale și automatizare, trecând dincolo de simpla manipulare a seturilor de date. Această lucrare reflectă filozofia autorului pe care am întâlnit-o și în Command-Line Rust. Dacă în lucrarea dedicată limbajului Rust accentul era pe performanță și siguranță la nivel de sistem, aici Ken Youens-Clark adaptează aceleași standarde înalte de rigoare pentru comunitatea de life sciences. Este o tranziție naturală de la dezvoltarea de utilitare de linie de comandă spre aplicarea acestor principii în fluxuri de lucru bioinformatice unde acuratețea și mentenabilitatea codului sunt vitale pentru validitatea rezultatelor experimentale.

Citește tot Restrânge

Preț: 44891 lei

Preț vechi: 56113 lei
-20%

Puncte Express: 673

Carte disponibilă

Livrare economică 05-19 mai
Livrare express 18-24 aprilie pentru 8809 lei

 Adaugă în coș

Wish list
Gift list
Am citit!
Adaugă în listă

Specificații

ISBN-13: 9781098100889
ISBN-10: 1098100883
Pagini: 350
Dimensiuni: 180 x 232 x 27 mm
Greutate: 0.75 kg
Editura: O'Reilly

De ce să citești această carte

Recomandăm această carte cercetătorilor și studenților care vor să depășească stadiul de simpli utilizatori de scripturi și să devină dezvoltatori de software științific. Veți câștiga abilitatea de a scrie cod Python curat și testabil, esențial pentru proiecte de cercetare reproductibile și pentru o carieră solidă în bioinformatică. Este investiția ideală pentru a aduce rigoarea ingineriei software în laboratorul de biologie.

Despre autor

Ken Youens-Clark este un autor specializat în tehnologie și programare, cunoscut pentru capacitatea sa de a preda limbaje complexe prin prisma utilității lor practice. Cu o experiență vastă în dezvoltarea de aplicații și instrumente de linie de comandă, el a publicat anterior Command-Line Rust la editura O'Reilly, o lucrare apreciată pentru abordarea sistematică a limbajului Rust. În contextul actual, autorul își folosește expertiza pentru a profesionaliza modul în care cercetătorii din domeniul științelor vieții utilizează Python, punând un accent deosebit pe testare și calitatea codului în mediul academic și de cercetare.

Descriere scurtă

Life scientists today urgently need training in bioinformatics skills. Too many bioinformatics programs are poorly written and barely maintained, usually by students and researchers who've never learned basic programming skills. This practical guide shows postdoc bioinformatics professionals and students how to exploit the best parts of Python to solve problems in biology while creating documented, tested, reproducible software.
Ken Youens-Clark, author of Tiny Python Projects (Manning), demonstrates not only how to write effective Python code but also how to use tests to write and refactor scientific programs. You'll learn the latest Python features and tools including linters, formatters, type checkers, and tests to create documented and tested programs. You'll also tackle 14 challenges in Rosalind, a problem-solving platform for learning bioinformatics and programming.
  • Create command-line Python programs to document and validate parameters
  • Write tests to verify refactor programs and confirm they're correct
  • Address bioinformatics ideas using Python data structures and modules such as Biopython
  • Create reproducible shortcuts and workflows using makefiles
  • Parse essential bioinformatics file formats such as FASTA and FASTQ
  • Find patterns of text using regular expressions
  • Use higher-order functions in Python like filter(), map(), and reduce()

Notă biografică

Ken Youens-Clark works as a Data Engineer at The Critical Path Institute where he helps partners in industry, academia, and government find novel drug therapies for diseases ranging from cancer and tuberculosis to thousands of rare diseases. His career in bioinformatics began in 2001 when he joined a plant genomics project at Cold Spring Harbor Laboratory under the direction of Dr. Lincoln Stein, a prominent author of books and modules in Perl and an early advocate for open software, data, and science. In 2014 Ken moved to Tucson, AZ, to work as a Senior Scientific Programmer at the University of Arizona where he completed a MS in Biosystems Engineering in 2019. While at UA, Ken enjoyed teaching programming and bioinformatics skills, and used some of those ideas in his first book, Tiny Python Projects (Manning, 2020), which uses a test-driven development approach to teaching Python.