Les régions du Sud algérien et particulièrement la région de Oued Souf sont confrontées au phénomène de la remontée des eaux qui se manifeste par une pollution et une dégradation de l'environnement. Les ghouts sont des dépressions, creusées par l'homme, pour permettre aux racines des palmiers d'être proches de la nappe phréatique. L'objectif de notre travail est de tenter de connaître la pollution minérale et microbiologique dans les eaux des ghouts et, également, de tester la capacité de résistance aux métaux lourds (Cd, Pb et Cu) de certaines souches bactériennes isolées des biotopes pollués. Les résultats des analyses physico-chimiques ont montré une pollution apparente dans les sites d'étude ; quant aux analyses microbiologiques nous avons pu isoler une cinquantaine de souches bactériennes réparties sur 13 genres. Les souches fongiques appartiennent à 5 genres, les cyanobactéries et les micro-algues sont réparties sur 8 genres. Pour étudier leurs comportements en présence de métaux lourds (Cd, Pb et Cu), deux souches bactériennes, Aeromonas sp. et Staphylococcus xylosus ont été choisies pour les tests.