Huayla Paco soberano del Señorío Wari, celoso de la preeminencia de Taypikala, la ciudad sagrada de los aymaras, envía a su temible hueste a destruir el tabernáculo de Akapana, asesinar los amautas y raptar la efigie de Wiracocha, el objeto sacro por el cual peregrinan hasta Taypicala todos los pueblos de los Antis.
Los clanes aymaras, autárquicos y dispersos, no pueden impedir el rapto de la efigie; pero, en la derrota, caen en cuenta que la única manera de recobrar el icono es dar nacimiento a una confederación que se equipare en magnificencia con el Señorío Wari.
El Rapto de Wiracocha narra los orígenes del Señorío de Tiwanacu y pone en paralelo -como ocurrió en la historia- a dos de las civilizaciones que dominaron los Andes entre el siglo VI y el siglo X del calendario de nuestra era.