L'Ile mysterieuse raconte l'histoire de cinq personnages: l'ingenieur Cyrus Smith, son domestique Nab, le journaliste Gedeon Spilett, le marin Pencroff et l'adolescent Harbert. Pour echapper au siege de Richmond ou ils sont retenus prisonniers par les Sudistes pendant la guerre de Secession, ils decident de fuir a l'aide d'un ballon. Pris dans un ouragan, ils echouent sur une ile deserte qu'ils baptiseront l'ile Lincoln. Apres avoir mene une exploration de l'ile, ils s'y installent en colons et commencent a la civiliser. Une presence semble veiller sur eux et les aider dans toutes les circonstances difficiles, voire tragiques. Le roman se decoupe en trois periodes: (1) les Naufrages - qui relate l'installation sur l'ile et l'organisation de la survie, (2) L'abandonne - ou les compagnons enfin installes decouvrent un autre naufrage sur l'ile voisine, (3) Le secret de l'ile - ou l'on decouvre l'origine de la protection mysterieuse."