Bouvard et Pécuchet, œuvre posthume et inachevée de Flaubert, présente la particularité d’être ostensiblement encyclopédique. Les deux protagonistes parcourant presque toutes les sections des connaissances humaines de l’époque, le texte romanesque se trouve saturé d’innombrables extraits prélevés sur les ouvrages les plus divers. La rédaction de cet étrange roman a en effet requis un travail considérable de documentation, comme en témoignent les dossiers documentaires qui comprennent notamment une importante masse de notes de lecture prises par l’écrivain au fil de ses lectures préparatoires.
Flaubert épistémologue a pour objet l’examen précis et attentif du travail documentaire effectué par le romancier. Elle est centrée sur l’une des disciplines-phares de l’« encyclopédie critique en farce », la médecine, dont il est question au chapitre III du roman, et qui est d’un intérêt majeur, en ce sens qu’elle entretenait au XIXe siècle un rapport étroit avec la littérature. L’étude approfondie des notes que l’auteur de Bouvard a prises sur la médecine permettra d’éclairer l’interférence des deux pratiques discursives, médicale d’une part, littéraire de l’autre. C’est ainsi que l’on pourra restituer à l’entreprise esthétique de Flaubert sa véritable portée critique et épistémologique, et par là même, saisir le roman dans sa dimension dialogique.