Bien que les parasites représentent une part énorme de la biodiversité, et soient à l'origine de désastres sanitaires et agronomiques majeurs, on sait peu de choses sur la manière dont de nouvelles espèces se forment. Nous nous sommes intéressés à trois aspects de la spéciation propres à ces organismes: l'isolement reproducteur, les sauts d'hôtes et la co-spéciation, enfin les déterminants phylogénétiques des sauts d'hôtes. Nous avons tout d'abord montré, chez un complexe d'espèces de champignons pathogènes de plantes, que la spéciation était initiée par la mise en place d'une barrière pré-zygotique, l'autofécondation. En second lieu, une approche par simulation a révélé que la ressemblance des phylogénies d'hôtes et de parasites n'était pas nécessairement révélatrice d'un phénomène de co-spéciation, mais pouvait aussi être obtenue par radiation adaptative d'un parasite sur un groupe d'hôtes. Enfin nous avons découvert que la probabilité qu'un parasite infecte un nouvel hôte dépendait de la phylogénie des hôtes, mais aussi de celle des parasites. Ce dernier résultat a des implications majeures pour anticiper les risques liés à l'arrivée de nouveaux parasites dans un environnement.