Les experiences de spectroscopie vibrationnelle, infrarouge et Raman, permettent d'obtenir des renseignements structuraux au niveau moleculaire. Les simulations de dynamique moleculaire ab initio permettent de reproduire ces spectres mais leur interpretation reste un defi. Dans le cadre de ce travail, nous presentons une methode originale d'analyse vibrationnelle a partir de dynamiques moleculaires a temperature finie, qui generalise les modes normaux a des systemes anharmoniques. A l'aide de ces modes de vibration effectifs nous pouvons ensuite determiner les intensites et les largeurs de chacune des bandes d'absorption infrarouges. En application, nous etudions des peptides de tailles croissantes, en insistant sur la nature et les intensites des modes Amides, et concluons par la comparaison de spectres infrarouges de sucres fucoses sulfates, afin de caracteriser les spectres d'absorption de 3 anomeres."