Die Synode von Diamper vom 20 bis 26. Juni 1599 war eine Reformsynode für die Christen des ostsyrischen Ritus in Malabara) (die indischen 'Thomaschristen', deren Kirche sich auf eine Gründung durch den Hl. Apostel Thomas zurückführt), die während der Vakanz des malabarischen Bischofsstuhles vom lateinischen Erzbischof von Goa, Dom Aleixo de Meneses OSAb), einberufen und geleitet wurde. Die Gegenstände dieser Synode sind vielfältig: Die Teilnehmer leisteten einen von Meneses vorgelegten Eid, mit welchem sie die gegen Nestorius, Diodor von Tarsos und Theodor von Mopsuestia ausgesprochenen kirchlichen Lehrverurteilungen bekräftigten, den Nestorius zugeschriebenen Irrlehren entsagten, und sich zur Christologie des Konzils von Ephesus bekannten. Damit einhergehend fand eine Purifikation des syrischsprachigen Schrifttums der Thomaschristen statt: Das 14. Dekret der dritten Sitzung enthält eine Liste mit Büchern, die, überwiegend wegen der in ihnen beanstandeten nestorianischen Lehren, verurteilt und im Anschluß an die Synode verbrannt wurden, das 15. Dekret hat die Emendation der liturgischen Bücher zum Gegenstand, hier werden umfangreiche Korrekturen eingefordert. Weiter erklärten die Synodalteilnehmer eidlich dem Hl. Stuhl in Rom die Obödienz und gelobten, künftig keine Bischöfe anzunehmen, die nicht vom Papst bestellt waren - bis dahin hatte der chaldäische bzw. assyrische Patriarch von Babylon die malabarischen Bischöfe entsandt. Zugleich wurde der portugiesische Kapitän von Cochin zum Schutzvogt über die malabarischen Christen bestellt. Die meisten Dekrete der Synode von Diamper befaßten sich indes mit der Sakramentendisziplin, die an die tridentinische Norm angeglichen werden sollte. Namentlich wurde die bis dahin nicht übliche sakramentale Einzelbeichte eingeführt, ebenso die Firmung und die Letzte Ölung, und es wurde der Priesterzölibat durchgesetzt. Schließlich wurden erstmals die Pfarreien der Diözese umschrieben, und es wurde die Liste der neuernannten Pfarrer publiziert.