Die neue Biodiesel-Besteuerung bedeutet einen Rückschlag für die "alternativen" Kraftstoffe dies wird als falsches Signal für ein umweltbewusstes Deutschland gewertet. Das neue Gesetz wurde auch von Politikern kritisiert, die einen Einbruch des Biokraftstoffabsatzes erwarten. Biodieselkraftstoff-Hersteller sehen ihre Existenz gefährdet ein Markteinbruch von bis zu 50% wird prognostiziert. Die stufenweise Einführung der Biodiesel-Besteuerung erlaubt den Unternehmen dennoch sich an die neuen Rahmenbedingungen anzupassen.