Biomolecules' Conformational Changes Studied by Simulations and Enhanced Sampling: Springer Theses

Referință pentru nivelul de doctorat și cercetare avansată, Biomolecules' Conformational Changes Studied by Simulations and Enhanced Sampling reprezintă o contribuție tehnică de vârf în domeniul biofizicii computaționale. Publicată sub egida Springer Theses, lucrarea este selecționată pentru excelență științifică, oferind o analiză riguroasă a modului în care moleculele își schimbă conformația în răspuns la stimuli externi sau evenimente de legare. Remarcăm modul în care autorul, Yui Tik (Andrew) Pang, reușește să pună în legătură teoria fundamentală a dinamicii moleculare cu aplicații clinice imediate, precum proiectarea medicamentelor și înțelegerea mecanismelor patologice. Suntem de părere că valoarea adăugată a acestui volum rezidă în abordarea sa pe mai multe scări de complexitate. Structura este organizată progresiv: după o introducere solidă în capitolul 1, autorul detaliază în capitolul 2 parametrizarea moleculelor de medicament utilizând un model de particulă cu „halogen-hole”, o actualizare metodologică esențială pentru Force Field Toolkit. Capitolele 3 și 4 analizează sisteme biomoleculare critice, de la plierea pertactinei la dinamica energetică a proteinei spike SARS-CoV-2, evidențiind impactul colectiv al glicanilor. Comparativ cu Biomolecular Simulations de Massimiliano Bonomi, care oferă o privire de ansamblu asupra tehnicilor atomiste și coarse-grained, lucrarea de față extinde cadrul propus cu date noi din perioada pandemiei, aplicând tehnici de eșantionare îmbunătățită direct pe structuri virale complexe. De asemenea, spre deosebire de abordarea teoretică din Chemical Theory and Multiscale Simulation in Biomolecules, acest volum se concentrează pe implementarea practică și validarea prin simulări a unor ipoteze specifice de pliere și interacțiune ligand-receptor.